Grundsätzlich wird während aller Arbeiten am Baum auf Artenschutz sowie den Erhalt von Habitatstrukturen geachtet. Der Artenschutz spielt sowohl für die Baumpfege als auch bei Baumkontrollen eine wichtige Rolle. 
Seit dem 01.03.2010 gelten laut Bundesnaturschutzgesetzes (BNatSchG) strengere Vorschriften des Allgemeinen Artenschutzes für die Beseitigung und den Rückschnitt von Bäumen und Sträuchern, um Vögeln während der Brutzeit zwischen 1. März und 30. September keine Nist- bzw. Brutstätten durch Schnittmaßnahmen zu zerstören. 

Der Besondere Artenschutz nach § 44 Bundesnaturschutzgesetz verbietet weitergehend u.a. die Zerstörung von Fortpflanzungs- oder Ruhestätten der wild lebenden Tiere besonders geschützter Arten wie z.B. Fledermäuse und verschiedenen Insektenarten.

Durch Maßnahmen wie beispielsweise dem Kronensicherungsschnitt oder der Erhaltung eines sog. Ökotorsos können sogar Habitate für Tier und Pflanzenarten geschaffen werden.
Die Baumpflege Garmisch-Partenkirchen versucht stets optimale Kompromisse zwischen Artenschutz, Herstellung der Verkehrssicherheit und den Wünschen des Kunden zu finden.